La vie du couvent est fortement liée au nom de son fondateur Varlaam de Khoutyne, un des saints les plus vénérés au nord de la Russie. Le couvent a été fondé au XII siècle dans un endroit « maléfique » qui était sous le pouvoir des forces du mal. Saint Varlaam, par la force de ses prières, a chassé ces mauvais esprits et a fait construire l'église de la Transfiguration-du-Sauveur. A présent le couvent représente un ensemble architectural datant des XVI - XIX siècles. Son territoire comprend une colline sainte avec la chapelle de Varlaam de Khoutyne et un puits saint qui se trouve non loin du couvent. Dans la cathédrale se trouvent les reliques de Varlaam. Les cendres du grand poète russe et homme d’Etat Gavriil Romanovitch Derjavine ayant demandé de l’enterrer dans le couvent à Khoutyne se reposent dans la chapelle Saint Jean le Théologien.

Il existe un hôtel au sein du couvent.